המדינה טוענת כי בעקבות הצעות בית המשפט, במהלך הדיון בעתירה ביום 22.1.06, היא קיבלה על עצמה לצמצם מאוד את ההחזקה של עצורים במתקן 1391. זאת, הן מבחינת הדרג שיהיה רשאי לאשר החזקת עצורים במתקן והן מבחינת משך הזמן המקסימלי להחזקתם בו. ההסדר שגיבשה חסוי, ומיועד רק לעיון בית המשפט. כן טוענת המדינה כי אי פרסום מיקומו של המתקן נובע בעיקר מן הצורך להגן על הבסיס הצבאי הסודי שבקרבו הוא מצוי, ומן הצורך להגן על המתקן עצמו ועל יושביו. לטענתה, הסתרת מיקומו לא נועדה להיות אמצעי לחץ בחקירה.